Stwarza się szansa, aby firmy i osoby fizyczne, które zmuszone były do zapłaty podatku od pomocy uzyskanej z funduszy UE, odzyskały utracone pieniądze. Coraz częściej polskie sądy uznają, że środki unijne są wolne od podatku. Problem dotyczy środków przyznawanych w latach 2004-2006 (z możliwością ich realizacji do 2008 roku).
W ustawach o CIT i PIT środki uzyskane z UE są zwolnione z podatku po spełnieniu dwóch warunków: pieniądze muszą pochodzić z bezzwrotnej pomocy przyznanej przez państwa obce, podmioty zagraniczne i międzynarodowe (w tym UE), a podatnik musi bezpośrednio realizować projekt. Z podatku zwolnione są też dotacje otrzymane z budżetu państwa.
Tymczasem minister finansów uznał w interpretacji z 2006 roku, że środki wypłacane w latach 2004-2006 nie korzystają z żadnego z tych zwolnień, ponieważ nie są dotacją budżetową ani bezzwrotną pomocą. Zdaniem ministra większe znaczenie ma tu procedura udzielania pomocy. Beneficjenci otrzymują pieniądze pożyczone z krajowego budżetu, a nie z bezzwrotnej pomocy sfinansowanej wprost z unijnej kasy, dlatego muszą płacić podatek.
Zupełnie inne stanowisko zajmują w tej sprawie sądy. Według WSA w Warszawie wszelkie fundusze i programy pomocowe finansowane przez UE są wyłączone z opodatkowania podatkiem dochodowym. Taka jest bowiem generalna zasada udzielania pomocy ze środków unijnych. Nie może jej niweczyć przyjęty przez poszczególne państwa model dystrybucji. Również według WSA w Opolu warunek zagranicznego pochodzenia środków jest spełniony także wówczas, gdy pieniądze te najpierw wykłada budżet danego państwa, a następnie są refundowane z bezzwrotnej pomocy UE. Przepisy nie wymagają, by były uzyskane bezpośrednio z budżetu unijnego.
Takie stanowisko sądów daje wszystkim podatnikom nadzieję na odzyskanie nadpłaconego podatku. Przede wszystkim z zasad prawa UE wynika, że środki pomocowe nie mogą służyć dofinansowaniu budżetów poszczególnych państw, a tymczasem opodatkowanie jest właśnie takim dofinansowaniem zmniejszającym przy tym pulę środków, którymi może dysponować beneficjent. W krajach UE dystrybucją środków pomocowych zajmują się najczęściej ministerstwa lub inne instytucje państwowe. Nie przeszkadza to w zwolnieniu ich z podatku. Tymczasem polskie organy podatkowe tworzą dodatkowe nieuzasadnione utrudnienia poprzez wymaganie, by środki pomocowe pochodziły bezpośrednio z budżetu UE.
Dostrzegając specyfikę dotacji unijnych, sądy stają coraz częściej po stronie podatników. Firmy i osoby fizyczne, które zapłaciły podatek dochodowy z tytułu uzyskanych dotacji unijnych, mogą złożyć wniosek o stwierdzenie nadpłaty i mają duże szanse na obronę swoich praw przed sądami.
IRCa